Иржи Килиан родился 21 марта 1947 г. в Праге (Чехословакия). Учился в балетной школе Пражского национального театра, затем в Пражской консерватории. Затем, получив стипендию Британского совета, стажировался в школе Королевского балета (Лондон). В 1968 г. по приглашению одного из крупнейших хореографов того времени Джона Крэнко поступил в руководимую тем труппу - Штутгартский балет, где оставался - в ранге солиста - до 1975 г.

В 1975 г. назначается одним из артистических директоров Нидерландского театра танца. В 1977 г. становится единственным артистическим директором этой труппы и создателем ее обширного репертуара.

В 1978 г. после показа на Международном фестивале Сполето (г. Чарльстон, Южная Каролина, США) балета "Симфониетта" на музыку Л. Яначека к нему приходит международная известность. Которая все упрочивается с показами все новых балетов Килиана на этом фестивале, в число которых попали культовые его произведения, как то "Симфония псалмов" на музыку И. Стравинского (1978 г.), "По заросшей тропе" на музыку Л. Яначека 1980 г.), "Забытая земля" на музыку Б. Бриттена (1981 г.), "Свадебка" И. Стравинского (1982 г.), "Пастбище" К. Чавеса (1983 г.), "Дитя и волшебство" М. Равеля (1984 г.).

В середине 80-х гг. начинает ставить преимущественно абстрактные опусы. В 1980 гг. были поставлены балеты, также получившие широкое международное признание. Среди них те балеты, поставленные в разные годы, которые впоследствии были объединены им в знаменитую программу "Черно-белых балетов": "Шесть танцев" на музыку В.А. Моцарта (1986 г.), "Игра окончена" на музыку А. Веберна (1988 г.), "Падающие ангелы" на музыку С. Райха (1989 г.), "Сарабанда" на музыку И. С. Баха (1990 г.), "Сладкие сны" на музыку А. Веберна (1990 г.), "Маленькая смерть" на музыку В.А. Моцарта (1991 г.); "Местонахождение неизвестно" на музыку А. Пярта, А. Веберна, С. Райха, Ч. Айвза, М. де Роо (1994 г.).

Выработал особый фирменный стиль, далеко вышедший за рамки классического "канона".  Имеет стойкую репутацию хореографа-философа, исследующего прежде всего глубины человеческой натуры, чем физические возможности тела, и славится своей феноменальной музыкальностью. "Есть Иржи Килиан, у которого, я сказал бы, самые "золотые" уши. Он превращает метафоры в движения Килиан слышит музыку и видит движения" (Рудольф Нуреев).

В 1978 г. организует труппу НДТ II, в которую входят очень молодые танцовщики (17-24 лет). В 1991-м - труппу НДТ III, объединившую, напротив, балетных пенсионеров, покинувших основной состав театра - НДТ I. Таким образом, по словам самого Килиана, его театр показывает жизнь танцовщика в трех изверениях.

В 1999 г. оставляет пост артистического директора театра, оставаясь при этом хореографом-резидентом - вплоть до 2009 г.

Его балеты шли и продолжают идти в театрах и балетных труппах многих стран мира. В 1995 г. отмечалось 35-летие НДТ и 20-летие руководства Иржи Килианом этой труппой: была выпущен грандиозный спектакль "Арчимбольдо" (постановка нескольких хореографов "родом" из самого НДТ и фрагменты балетов Килиана), в которой приняли участие все три труппы - НДТ I,  НДТ II и НДТ III. Пять лет спустя "Арчимбольдо" был показан на сцене Парижской оперы. Празднества прошли под девизом, предложенным самим мэтром: прошлое - это история, будущее - тайна, настоящее - подарок.

Репертуар

Среди балетов последних лет

"Клик-пауза-молчание" на музыку И.С. Баха, Д. Хобриха ((НДТ I, 2000 г.).
Все на музыку Д. Хобриха, за исключением отмеченных особо:
"27’52" (НДТ II, 2002 г.)
"Клод Паскаль" (НДТ I, 2002 г.)
"Когда время отнимает время" (НДТ III, 2002 г.)
"Далеко слишком близко" (НДТ III, 2003 г.)
"Последнее прикосновение" (НДТ I, 2003 г.)
"Бессонные" (НДТ II, 2004 г.)
"Бросить кости" (НДТ I, 2005 г.)
"Шляпа" на музыку Принса (НДТ II, 2006 г.)
"Деготь и перья" на музыку В.А. Моцарта (НДТ I, 2006 г.)
"Ускользающий двойник" (НДТ I, 2008 г.)
"Боги и псы" (НДТ II, 2008 г.)
"Воспоминания о каменных мешках" (НДТ I, 2009 г.)
"Нужно, чтобы дверь была…" (Парижская национальная опера, 2004 г.).