Таки я вчера зря гнал на AviDemux под линухом: виндовая версия работала ровно так же.
Из чего следовало, что дело не в платформе, а в конкретном файле.
Долгое позиционирование - это было только полбеды, основная проблема оказалось в том, что авидемух не видел ключевых фреймов, поэтому не мог сохранить выбранный отрезок.
Однако выход нашёлся.
Как обычно, через то самое место, зато действующий.
И простой.
Итак, рецепт приготовления вырезки из неправильной матрёшки.
Берём авидемух и открываем им матрёшку.
Если мы можем произвольно перемещаться по тайм-лайну - ура, матрёшка правильная.
Если не можем...
Скорее всего, матрёшка тоже правильная (особенно если плееры её воспроизводят), но готовить её надо по-другому.
Нам потребуется много времени и свободного места на диске: в моём случае из двух гигов получилось пять с лишним и ушло на это времени столько, сколько идёт фильм (плюс-минус, когда счёт идёт на часы, нет смысла следить за минутами).
Устанавливаем в настройках видео любой кодек, отличный от MPEG4-AVC (x.264), если места на диске много - то какой-нибудь с минимальным сжатием, типа MJPEG или даже Huffyuv (avcodec). Я жадный, ставил обычный MPEG4-ASP (lavc).
В настройках звука ставим PCM. Можно поставить что-нибудь другое, но есть вероятность, что появится рассинхронизация с картинкой.
Сохраняем ЭТО.
После часа-другого шуршания винчестером получим прекрасный полуфабрикат, из которого можно вырезать всё, что угодно в любом месте.

То, ради чего всё это затевалось - 40 мегабайт красавчика-Швайгера