Есть одна теория, которая основана в основном на истории Средневековья, что Библия использовалась как средство власти. Простого человека можно не послушать, чем он отличается собственно от остальных, а вот если он послан откуда-то "свыше", то он уже по крайней мере интересен. Мне кажется, именно с этим смыслом в этом фильме Библия и использовалась.
А по поводу того, что все экземпляры были уничтожены, может они были уничтожены не людьми, а именно катаклизмом, чтобы очистить все, что было раньше. Можно даже предположить, что Бог забрал у людей все книги Библии за ее неправильное использование, и сохранил лишь одну, но такую, чтобы она попала к тем, кто сможет правильно ее истолковать.