По сюжету фильма, Алисе уже 19 лет.
Случайным образом она возвращается в Страну чудес, где она была тринадцать лет назад.
Ей говорят, что она единственная, кто может убить Бармаглота — дракона, находящегося во власти Красной королевы. Бёртон рассказал, что сказки Кэрролла всегда были историями о девочке, ходящей от одного персонажа к другому, и он не чувствовал эмоционального взаимодействия, поэтому он хотел, чтобы её творение было настоящей историей, а не просто последовательностью событий. Он не считает его продолжением предыдущих фильмов или ремейком.



Жизнь 19-летней Алисы Кингсли принимает неожиданный оборот. На викторианской вечеринке, устроенной в её честь, Алисе делает предложение Хэмиш, богатый, но глупый сын лорда и леди Эскот. Не дав ответа, девушка убегает и идёт за кроликом, замеченным ею на лужайке. Кролик как кролик, вот только он одет в камзол и всё время смотрит на карманные часы. Алиса гонится за Белым Кроликом через весь луг и видит, как он исчезает в кроличьей норе. Затем, неожиданно, Алиса падает туда сама, летит вниз по странному, сказочному туннелю и приземляется в круглом зале со множеством дверей. Выпив из бутылки с надписью «ВЫПЕЙ МЕНЯ», она уменьшается в размерах, а откусив от пирожного с надписью «СЪЕШЬ МЕНЯ» — вырастает. Наконец, миновав череду злоключений, Алиса попадает через одну из дверей в чудесный фантастический мир, который его обитатели называют Подземной страной...