Шимура Данзо - начальник Сая и назначает его членом команды Какаши, что бы осуществить свои планы в отношении будущей Деревни Скрытого Листа. В срок правления третьего Хокаге он создает подразделение Анбу Не, чьи члены обучаются подавлению своих эмоций. Позже это подразделение распускается. Раньше он сражался против Сарутоби Хирузена за титул Хокаге, так как считает его подход слабым и неуместным. Кроме того он ненавидит Тсунаде, так как она внучка первого Хокаге и думает так же как и Сарутоби. Видимо у Данзо много целей. Он убивает жабу, которая должна вернуть Наруто с его тренировок в Коноху, так как опасается, что Акацки могут захватить Кьюби. Во время нападения Акацки на Конохи, Данзо с несколькими подчиненными сбегает в подземелье и появляется только после поражения Пэйна против Наруто. Так как Тсунаде теперь лежит в коме, на одном из собраний он предлагает себя на пост шестого Хокаге, что одобряется Даймё, несмотря на возражения некоторых присутствующих. Когда команда из Кумогакуре, посланная Райкаге в Коноху и состоящая из Омои, Каруи и Самуи, приносит Тсунаде сообщение, что созывается собрание пяти Каге, появляется Данзо и говорит, что Тсунаде больше не является Хокаге, а он. Вскоре после этого Данзо, который знает о приказе уничтожения Учих и тем самым считает Саске опасностью, решает классифицировать Учиху Саске как беглого Шиноби. Кроме того он пытается отыскать Кабуто, что бы добыть информацию о экспериментах Орочимару, для того что бы обработать и использовать свою правую руку. Так же Данзо хочет по неизвестным причинам поймать Наруто, что бы добраться до Кьюби. Данзо спокойный и хладнокровный человек, стратег, почти не показывающий эмоций. Причиной тому может быть его мнение о том что эмоции виноваты в войнах и конфликтах, как он сказал Саю. Так он принимает обвинения и оскорбления Райкаге, который является полной противоположностью Данзо, не моргнув и глазом. Однако Данзо показывает эмоции на выборах Хокаге, так как выступает с речью о том какой нужен Хокаге, затем ухмыляется, когда его выбирают. После того как Данзо отдал своей команде приказ искать Кабуто и присматривать за Наруто, он отправляется на собрание пяти Каге с самыми своими способнейшими подчиненными Фу и Торуне. В пути на них нападает группа убийц. Данзо оказывается способным воином и способен использовать свою забинтованную руку, так как с легкостью побеждает нападающих. В этом бою он первый раз раскрывает свой Шаринган. Во время собрания Каге Данзо ведет себя очень спокойно, в отличии от Райкаге, который обвиняет его в том, что он темная сторона мира Шиноби и сотрудничает с Орочимару. Он предлагает пяти великим странам объединиться против Акацки. Мифуне считает это хорошей идеей и предлагает Данзо на место лидера Альянса, при чем других он по разным причинам исключает. Однако Ао, с помощью своего Бьякугана, замечает, что Данзо присвоил себе части тела Учихи Шисуи, с помощью которых возможно контролирует Мифуне. Таким образом собрание обостряется , но в этот момент появляется Зетсу и обращает всё внимание на Саске. Райкаге приказывает Ао присматривать за Данзо и отправляется в погоню за Саске. Когда Саске врывается в помещение что бы убить Данзо, тот сбегает со своими подчиненными, несмотря на то что собрание не окончено. Это и другие подозрения доводят до того, что Каге не доверяют ему и выбирают Райкаге на место лидера Альянса. Ао преследует Данзо, однако сопровождающим того удается перехитрить его. Несмотря на это Фу не удается забрать Бьякуган Ао. По дороге назад в деревню группа встречает Тоби. Начинается сражение, в котором Данзо раскрывает одно механическое устройство на его правой руке и говорит, что хочет снять печать. Его охранники прикрывают его, в то время когда он откручивает винты. Тоби удается телепортировать Фу и Торуне в, а Саске из другого измерения, так что Саске и Данзо стоят лицом к лицу. Данзо говорит, что теперь он может увеличить свою коллекцию и обнажает свою правую руку, которая полна Шаринганами. Полон ненависти Саске принимает бой и кажется, что Данзо уступает ему в силе. Однако каждый раз когда Данзо поражает техника Шарингана Саске, он появляется снова невредимым. После того как Карин и Тоби анализировали технику, они приходят к решению что это Изанаги. Так как Саске становится всё слабее а у Данзо всё меньше глаз, оба пытается закончить бой как можно быстрее. Когда у Данзо остается только один глаз, а Саске в конец ослаб, оба атакуют и пронзают друг друга элементарными клинками. Однако Данзо не в состоянии использовать Изанаги, так как последний Шаринган всего лишь иллюзия Саске. Карин лечит Саске, в то время как Хокаге теряет контроль над Чакрой первого Хокаге. Из его правой руки появляется огромное дерево и отделяется от тела. Данзо не видит другого шанса и берет Карин в заложники. Однако Саске решает пожертвовать Карин и пронзает обоих используя Чидори Еисо. Тяжело раненный Данзо двигается от них, но его останавливает Тоби, которых хочет Шаринган Шисуи. Данзо активирует печать на своей груди, который убивает его и всё что находится вокруг него. Однако его план проваливается, так Саске и Тоби удается уклониться. Несмотря на свой возраст Данзо способный воин. Наряду с его техниками Фуутона он обладает Шаринганом Учихи Шисуи, с помощью которого он может манипулировать других людей. Однако после каждого использования он вынужден ждать некоторое время, прежде чем может использовать его вновь. В его руке, которую он наделил специальным устройством, можно распознать Чакру Учихи Шисуи. Под устройством находятся десять Шаринганов, которые он называет своей коллекцией. С их помощью он может использовать Изанаги и становиться временно неуязвимым. Кроме того в его правой руке ДНK первого Хокаге, по этому он способен использовать Мокутон. Однако он не может специально использовать это соединение элементов, оно высвобождается, если он не подавляет ДНK. Использование Мокутона для Данзо очень опасно, так как клетки первого Хокаге пытаются взять его тело под свой контроль, если он их не подавляет. Незадолго до своей смерти он был вынужден отделить свою руку, так как был слишком слаб, что бы контролировать Чакру Хаширамы. Кроме того Тоби говорит, что с помощью его Шаринганов и ДНK первого Хокаге он в состоянии контролировать Кьюби. Он обладает необычной версией Кучиёсе но Дзюцу, так как призывает не реального животного, а Баку.