Чайку по имени Джонатан Ливингстон с молодости обескураживает бессмысленность и узость существования чаек, обеспокоенных лишь ежедневной борьбой за пропитание. Охваченный страстью к совершенствованию, Джонатан всецело отдаётся изучению полёта как искусства и образа бытия, а не как способа перемещения в пространстве для добычи пищи. В определённый момент он оказывается не в состоянии мириться с правилами примитивного существования социума чаек. Будучи изгнан из стаи, Джонатан ведёт идиллическую жизнь отшельника и ничуть не страдает от одиночества, всецело отдаваясь совершенствованию мастерства полёта.

Однажды Джонатан встречает двух сияющих чаек, которые забирают его в «более совершенную реальность» — на Небеса, в следующий, лучший мир, достижимый через собственное самосовершенствование. Этот мир населён чайками, посвятившими себя искусству полёта. Джонатан с удивлением узнаёт, что его упорство и всепоглощающая устремлённость в обучении позволили ему проделать путь эволюционного развития, на который у обычных чаек уходят тысячи, десятки тысяч жизней.

В новом мире Джонатан знакомится с Чиангом — мудрой чайкой-старейшиной. Чианг становится наставником Джонатана и учит его перемещаться со скоростью мысли в пространстве и времени. По словам Чианга, секрет успеха заключается в глубоком осознании того, что истинное «я» живёт одновременно в любой точке пространства в любой момент времени и не является узником тела с ограниченным набором заранее запрограммированных возможностей.

Чианг уходит в следующий, ещё более совершенный мир, а через некоторое время Джонатан принимает решение вернуться на Землю, чтобы передать полученные знания таким же чайкам, каким он сам был когда-то, чтобы поделиться страстью к полёту и стремлением к совершенству. Джонатан собирает небольшую команду из чаек, изгнанных стаей, и начинает обучать их мастерству полёта. Добившись впечатляющих успехов, вся команда под предводительством Джонатана возвращается в стаю. Вопреки стараниям чаек-старейшин они обретают всё больше сторонников и приверженцев. Вскоре Джонатан передаёт свою роль наставника одному из своих первых учеников, а сам покидает земной мир, продолжая путь совершенствования.