Церковь святого Петра (Iglesia de San Pedro; Basílica Parroquia de San Pedro) находится в 700 м к северо-востоку от собора. Она входит в число древнейших церквей города, построенных после его завоевания королем Фердинандом III. Место выбрано не случайно – ранее здесь находился храм 4 века, в котором хранились мощи святых кордовских мучеников, пострадавших в римскую эпоху – Януария, Марциала и Фавста (заново обретенные в 1575 году).

Строительство новой церкви началось в 13 веке, и первоначально она была выполнена в готическом стиле. Но, несмотря на древний возраст сооружения, в его облике почти не заметны средневековые черты из-за множества перестроек в течение 17 и 18 веков. Впрочем, сохранилось два древних портала и часть башни, в которых заметны черты стиле мудехар. В 1542 году архитектор Эрнан Руис Младший был вынужден выполнить новый главный портал, поскольку предыдущий был в плохом состоянии. Он создал двухярусное обрамление в виде двух триумфальных арок ионического ордера, поставленных друг на друга.

В верхнем ярусе поставлена статуя святого Петра. В интерьере церковь представляет собой трехнефную базилику с полигональной апсидой 14 века, перекрытой готическими сводами. В интерьере церкви любопытны ретабло часовни Святых Мучеников, выполненный Алонсо Гомесом де Сандовалем в 1742 году и главное ретабло работы Феликса де Моралеса, являющийся одним из самых великолепных в Кордове.