Если Вам понадобиться поменять файловую систему FAT32 на NTFS, например при записи большого размера файла на флешку, то правильным способом будет воспользоваться форматированием Вашей флешки или диска. Разумеется перед этим нужно перенести все важные данные куда-нибудь, т.к. при форматировании все файлы на носители стираются. Но иногда бывают такие ситуации, что нужно срочно изменить ФС (файловую систему) с FAT32 на NTFS, а под рукой нет ничего, куда бы можно было перенести данные. Или же у Вас внешний жесткий диск объемом гигабайт 500 или больше/меньше полностью "забитый" файлами. Тогда уж точно нужно искать куда столько файлов скопировать, а потом снова на него переносить и при этом потерять достаточно много времени на все эти операции.
В общем существует способ "переформатировать" FAT32 в NTFS с сохранением всех данных на носители. Кстати, почему именно FAT32? Потому что на большинстве стандартно-поставляемых жестких дисках и флешках стоит именно эта ФС, а NTFS по сравнению с ней более лучше.

Итак, для того, чтобы "преобразовать" одну ФС на другую, нам нужно запустить командную строку (желательно от имени администратора, но можно и так "переделать") и ввести в неё следующую команду:

convert {буква_диска} /fs:ntfs

где {буква_диска} - это буква Вашей флешки или диска, который нужно конвертировать. Например у Вас его буква G, тогда строка будет такой:

convert g: /fs:ntfs

вот так будет выглядеть в командной строке:

теперь жмем Enter.

После этого может выйти сообщение о названии флешки/диска. Можете менять, можете не менять, а можете и вообще оставить пустым.

Кстати, некоторые пользователи отмечают что лучше когда лейбла (названия) у флешки/диска вообще нет. Тогда конвертирование происходит без каких-либо проблем и ошибок.

После этого начнется преобразование

Можете затем зайти и убедиться что все файлы остались на своих местах.

Теперь о нюансах этого способа.

1) Переформатировать этим способом NTFS в FAT не получится. Для того, чтобы аналогичным методом изменить ФС, команду следует "переделать" и в итоге она будет такой:

convert буква_диска: /fs:ntfs /nosecurity /x

2) Очень желательно проверить на ошибки Вашу флешку или диск перед преобразованием. Например способом описанным для Windows 8, но и для других систем так же подойдет. Главной в Свойствах диска найти нужный пункт.
Это нужно для того, чтобы не выходили ошибки вроде SRC и других.

3) При этом способе фрагментация файлов будет очень большой. Оно и понятно. Это скажется в первую очередь на том, что скорость носителя понизиться (чтение/запись/копирование и т.п.), а так же дефргаментация может быть трудоёмкой или даже вовсе невозможной.

4) Если на флешке или диске (что чаще всего) есть установленные приложения, требующие регистрацию или оригинальный диск с дистрибутивом, то вполне вероятно что регистрация эта пропадёт.

На этом думаю всё. Переформатировать NTFS в FAT32 и наоборот можно без потерь данных, но всё же рекомендую изменять ФС с помощью переноса файлов и нормальным форматированием.