Это традиция, которая имеет корни в самой культуре Японии. дело в том, что с древних времен японцы обожествляли окружающий мир (кстати, не только природу), поэтому дом всегда считался священным местом, в котором обитает дух предков и именно поэтому считалось оскорблением зайти в грязной обуви в дом, обувь оставалась перед порогом, так как это символизировало, что все нечистое не должно входить в дом.