В IV века в Александрии действовал патриарх Теофил. В то время декретами императора Феодосия I было запрещено соблюдение любых религиозных обрядов, кроме христианских. Феодосий I постепенно превратил священные праздничные дни в рабочие (в 389 году), запретил публичные жертвоприношения, закрывал храмы и тайно потворствовал проявлениям неуважения христиан к основным культовым сооружениям. Декрет 391 года привёл к окончательному запустению языческих храмов, на месте которых возникали христианские церкви.

В Александрии патриарх Теофил получил юридическую власть над одним из заброшенных храмов Диониса. Он хотел превратить его в церковь. Во время ремонта в храме были обнаружены тайные пещеры. Открытие этих пещер спровоцировало нападение язычников на христиан, те же в свою очередь приняли ответные меры. Тогда язычники отступили и забаррикадировались в храме Серапеум — самом внушительном из оставшихся святилищ города. Они захватили множество христианских пленников, некоторые из них были принесены в жертву путём сожжения, а остальные убиты или со сломанными ногами сброшены в пещеры для жертвоприношения. Тогда же язычники, пойманные в ловушку в храме, начали грабить его. (Rufinus и MacMullen, 1984).
Торжествующий Теофил с Евангелием в руке стоит на Серапеуме в 391 году

Теофил послал письмо Феодосию I с просьбой помиловать язычников взамен на уничтожение всех языческих сооружений. Это и повлекло разрушение Серапеума. Сначала римские солдаты и монахи, призванные из пустыни, сравняли храм с землёй, затем они приступили к разрушению священных зданий в городе Канопус. Повсюду в Египте были разрушены языческие постройки. На папирусной хронике (Александрия, 5 век) показан торжествующий Теофил на храме Серапеум. (MacMullen, 1984).

Есть другая версия разрушения Серапеума. События начинаются с закрытия митреума. По-видимому, остатки святилища были осквернены христианами, что повлекло нападение язычников. Дальнейшие события развивались аналогично первой версии.