В 1908 году он женился на Софье Кимантайте, которую искренне и глубоко любил. Ему казалось, что теперь наступила пора счастливого покоя и гармонии. В том же году он вместе с ней уезжает в Петербург, который оказался совсем неподходящим местом для такого покоя. Начались безденежье и скитание по убогим комнатам и сомнительным домам. У него не было работы, не было рояля, не было друзей. Но что-то удерживало его в этом туманном и сыром городе. Он был увлечен русской культурой, с которой встретился в больших петербургских музеях, галереях, театрах и концертных залах. Именно здесь, в этом чужом городе, несмотря на трудности полунищенского существования, он сочинил лучшую свою музыку и написал лучшие свои картины. Жена, не привыкшая к такому образу жизни, уехала в Литву и только время от времени появлялась в Петербурге. Им суждено было прожить свою короткую семейную жизнь в разлуках, в мучительных объяснениях и горьких сожалениях. Чюрленис остался один.