вскрытие показало, что пароли на доступ к хранилищам сертификатов задаются свойствами
javax.net.ssl.keyStorePassword - для сертификата сервера
javax.net.ssl.trustStorePassword - для доверенных сертификатов
создаем конфиг для запуска
services->GlassFish v2->Launch->Create Launch Configuration
и в параметрах jvm указываем
-Djavax.net.ssl.keyStorePassword=<ваш пароль> -Djavax.net.ssl.trustStorePassword=<ваш пароль>