Толстая кишка в значительно большей степени, чем тонкая, заселена различными микроорганизмами, количество видов которых приближается к 500. В толстой кишке микроорганизмы составляют 30 % сухой массы просветного содержимого. Наиболее распространенными и физиологически значимыми считаются анаэробы: бифидобактерии, лактобактерии, бактероиды, вейлонеллы, фузобактерии, эубактерии, пептострептококки, клостридии и аэробы и условные анаэробы: кишечная палочка, лактозонегативные энтеробактерии (протей, энтеробактер, цитробактер и т.д.), энтерококки, клебсиеллы, стафилококки, дрожжеподобные грибы. Количество микроорганизмов увеличивается в направлении дистальных отделов толстой кишки, причем больше в просветных, а не в пристеночных зонах (Добровольский О.В., Сереброва С.Ю.).

Качественный и количественный состав основной микрофлоры толстой кишки у здорового человека в колониеобразующих единицах (КОЕ) в пересчете на 1 г кала (по ОСТ 91500.11.0004-2003 «Протокол ведения больных. Дисбактериоз кишечника»):