Морганиевы крипты — расположенные между морганиевыми столбами углубления в стенке заднепроходного канала.  Всего имеется от 6 до 10 продольных морганиевых крипт, находящихся между идущими вдоль анального канала морганиевых (заднепроходных) столбов. В области анального отверстия морганиевы крипты ограничены возвышениями слизистой оболочки, называемыми анальными заслонками, которые объединяются в кольцеобразное возвышение, называемое прямокишечно-заднепроходным пояском. В зоне прямокишечно-заднепроходного пояска на окаймляющих морганиевы крипты полулунных клапанах могут располагаться анальные сосочки.

Стенка кишечника состоит из четырёх оболочек:

• слизистой оболочки, подразделяющейся на три слоя:
  • эпителиальный
  • собственную пластинку, имеющую углубления — либеркюновы железы (кишечные крипты)
  • мышечную пластинку
• подслизистой оболочки, образованной соединительной тканью, кровеносными сосудами и нервами; в подслизистой оболочке, со стороны мышечного слоя, находится мейсснерово нервное сплетение; в подслизистой оболочке проксимального отдела двенадцатиперстной кишки находятся дуоденальные железы, секретирующие энтерокиназу, амилазу, пептидазы, урогастрон, слизь; подслизистая основа толстой кишки богата коллагеновыми и ретикулярными соединительными волокнами
• мышечной оболочки, состоящей из внутреннего циркулярного (в котором, несмотря на название, мышечные волокна идут косо) и внешнего продольного слоёв гладких мышц; продольный слой в тонкой кишке сплошной, а в толстой (за исключением прямой кишки) идёт в виде трёх продольных лент шириной 3–5 мм; между циркулярным и продольным слоями располагается нервное ауэрбахово сплетение;
• серозной оболочки, представляющей собой висцеральный листок брюшины, состоящий из плотной соединительной ткани и покрытой с внешней стороны плоским эпителием; серозная оболочка толстой кишки имеет сальниковые отростки длиной 4–5 см, наполненные жировой клетчаткой

Толстая кишка в значительно большей степени, чем тонкая, заселена различными микроорганизмами, количество видов которых приближается к 500. В толстой кишке микроорганизмы составляют 30 % сухой массы просветного содержимого. Наиболее распространенными и физиологически значимыми считаются анаэробы: бифидобактерии, лактобактерии, бактероиды, вейлонеллы, фузобактерии, эубактерии, пептострептококки, клостридии и аэробы и условные анаэробы: кишечная палочка, лактозонегативные энтеробактерии (протей, энтеробактер, цитробактер и т.д.), энтерококки, клебсиеллы, стафилококки, дрожжеподобные грибы. Количество микроорганизмов увеличивается в направлении дистальных отделов толстой кишки, причем больше в просветных, а не в пристеночных зонах (Добровольский О.В., Сереброва С.Ю.).

Качественный и количественный состав основной микрофлоры толстой кишки у здорового человека в колониеобразующих единицах (КОЕ) в пересчете на 1 г кала (по ОСТ 91500.11.0004-2003 «Протокол ведения больных. Дисбактериоз кишечника»):
 

Толстая кишка (лат. intestinum crassum) — нижний отдел желудочно-кишечного тракта, начинающийся после тонкой кишки и оканчивающийся анусом. Вместе с тонкой кишкой составляет кишечник.

В толстой кишке выделяют три отдела: слепую кишку (№ 6 на рисунке справа; лат. caecum) с червеобразным отростком (№ 8), ободочную кишку (лат. colon) с четырьмя подотделами (восходящая ободочная, поперечная ободочная, нисходящая ободочная (№ 7) и сигмовидная кишки) и прямую кишку (№ 9; лат. rectum) с широкой частью — ампулой прямой кишки и оконечной сужающейся частью — заднепроходным каналом (№ 10), заканчивающейся анальным отверстием.

Длина толстой кишки у взрослого человека в среднем 160 см, внутренний диаметр в среднем от 5 до 8 см и уменьшается в направлении от слепой к прямой кишке. Толщина стенки толстой кишки — 2–3 мм, при сокращении — 4–5 мм, толщина стенки прямой кишки — 2,4–8 мм. Толстая кишка отделяется от тонкой илеоцекальным клапаном.

В толстой кишке происходит всасывание основной массы воды, электролитов, глюкозы, витаминов и аминокислот, вырабатываемых симбиотическими бактериями и формирование из химуса кала, а также накапливание и удерживание последнего до выведения наружу.

В слизистой оболочке толстой кишки располагаются наиболее многочисленные эндокринные клетки кишечника — L-клетки, продуцирующие гормоны энтероглюкагон (глюкагоноподобный пептид-1) и пептид YY.

Время пребывания содержимого (химуса и кала) в толстой кишке в норме — около 26 часов.