Я придумал другой workaround, без переименования, но с временным файлом и ещё одной утилитой.
Проблемы в том, что нормальная кодировка из батника получается только при вызове встроенных команд. Всему внешнему передаётся 866 вместо 1251, с этим надо бороться.

Пример:
@echo off
del /q temp.dos
@echo off
del /q temp.dos
del /q temp.bat
for %%n in (..\*) do echo contig -v "%%n">>temp.dos
rusconv -alt +win temp.dos
ren temp.win temp.bat
del /q temp.dos
call temp.bat

т.е. мы сначала делаем батник с нужными командами, потом конвертируем его в 1251 и потом запускаем.
rusconv отсюда http://uucode.com/rusconv/index.html.