Да, удалены и из каталога и вообще с диска.
Ситуация следующая - после импорта из фотоаппарата на компьютере уже идет разбор полетов, в результате которого некоторые снимки удаляются с диска. Снимки на фотоаппарате при этом остаются. При следующем импорте помимо новых фотографий лайтрум импортирует и старые, но удаленные с компьютера.
И, повторюсь, вроде бы второй так не вел себя, по новой ничего не импортировал