1. Стебель начинает загнивать и растение гибнет - это СТЕБЛЕВАЯ ГНИЛЬ. Чаще всего появляется в загущенных посадках при плохом проветривании или высокой влажностивоздуха, при длительном похолодании (ниже 15 градусов). При появлении белого налета, который является первым признаком заболевания, сразу ПРЕКРАТИТЕ ПОЛИВ, проветрите теплицы, снимите все листья и пасынки со стеблей до развилки, проредите веточки на каждом растении, налет снимите тряпочкой, промойте крепким раствором марганцовокислого калия и опылите золой.
 При ДЛИТЕЛЬНОМ ПОХОЛОДАНИИ или резкой смене температур, либо затянувшейся дождливой погоде дайте перцу кальциевую и калиевую подкормку (2 ст. ложки кальциевой селитры + 2 ст. ложки углекислого или сернокислого калия на 10 л воды, по 1 стакану под растение).    
2. Веточки оголяются, поднимаются вверх, увядающие листья имеют мозаичную окраску, плоды уродливые, деревянистые - это ВИРУСНОЕ ЗАБОЛЕВАНИЕ СТОЛБУР. Выкопать куст и сжечь.
3. На вершине или сбоку плода образуется светлое пятно, которое потом загнивает - это ВЕРШИННАЯ ГНИЛЬ. Она болезнью не является. Причина в недостатке калия, кальция, воды. Полить, подкормить калием, кальцием, как указано выше.
4. Листья имеют коричневую каемку или закручиваются лодочкой вверх - это НЕДОСТАТОК КАЛИЯ.Дать внекорневую подкормку по листьям в вечернее время (1 ст. ложка калийной селитры или любого калийного удобрения без хлора на 10 л воды), а еще лучше высыпать под каждое растение по влажной почве по 0,5 стакана золы.
5. Листья поднимаются вертикально вверх - НЕДОСТАТОК ФОСФОРА, подкормите суперфосфатом (3 ст. ложки на 10 л воды).
6. Все листья, а не только молодые, светлеют - НАДОСТАТОК АЗОТА, подкормите настоем сорняковразбавив настой водой 1:5, расходуя по 0,5 л под куст, или мочевиной (2 ст. ложки на 10 л воды) по стакану под растение.
ПРОТИВ ВСЕХ БОЛЕЗНЕЙ ПЕРЦА следует проводить профилактическое опрыскивание смесью трех препаратов: по 2 капли "Циркона" + "Эпин-экстры" + "Цитовита" растворяют в 1 л воды ОПРЫСКИВАЮТ ПЕРЕЦ 1 РАЗ В МЕСЯЦ. Почву ПЕРЕД ПОСАДКОЙ И 1 РАЗ В МЕСЯЦ полезно поливать раствором "Фитоспорина". Любые болезни легче прдотвратить, нежели от них избавиться.
Главный вредитель у перца - это ТЛЯ, как с ней бороться было рассказано здесь:
http://www.liveinternet.ru/users/4545158/post208337973/
http://www.liveinternet.ru/users/4545158/post208339421/
http://www.liveinternet.ru/users/4545158/post208663780/
Часто листья повреждают СЛИЗНИ выедая большие дыры. Обвяжите нижнюю часть стебля крапивой. Есть простое народное средство: 0,5 стакана 9% уксуса на 10 л воды. Опрыскивать растения и почву под ними надо вечером, когда слизни и улитки отправляются на кормежку.