Владыка - это не термин, а обращение к епископу (в том числе архиепископу, митрополиту).
Этот сан отличается от других тем, что епископы обладают всей полнотой церковной власти, возглавляют епархии, принимают решения по общецерковным вопросам (на Соборах Церкви). Еще их называют "князьями Церкви".
Это не светская власть, но она вполне реальная. Например, разрешение на второй церковный брак (после развода) может дать только епископ. Рукоположить диакона или священника - только епископ, сами они рукопологать друг друга не могут (так же, как мы не можем себя самих родить).
Ну и так далее :)