Я не понял произошло ограбление или кража? Как идет следствие по делу?
ИМХО,то что производились отчисления в ПФ и ИФНС доказывает лишь факт размера заработной платы,но факт выплаты ее работнику не подтверждает.
Ничего не остается как в рамках трудового спора, после вынесения решения суда,которое при указанных обстоятельствах может быть только в пользу бухгалтера, выплатить требуемую сумму.
Другое дело,что необходимо обратиться в правоохранительные органы с заявлением о возбуждении уголовного дела по ст.159 УК РФ.Тогда можно будет использовать все доказательства не только документы,но и показания свидетелей.Угроза возбуждения уголовного дела может и урезонит бухгалтера.