Сама процедура ИМСИ заключается во введении в яйцеклетку сперматозоида, отобранного при помощи морфологического анализа спермы. Метод ИМСИ является важным дополнением к процедуре ИКСИ и проводится микроиньекцией отобранного (с высокими качественными показателями) сперматозоида непосредственно в цитоплазму яйцеклетки. Это позволяет добиться высокого процента беременности, низкой вероятности выкидыша и врожденных пороков.
При процедуре ИМСИ отбор сперматозоидов проводится при цифровом увеличении в 6300 раз - это позволяет со всей тщательностью выделить сперматозоиды с хорошей морфологией, что дает довольно высокую вероятность беременности - около 60-70%.