К  концу X века началась колонизация  Пруссии крестоносцами. Сначала были миссионеры, потом появились рыцари с мечём. Первым проповедником на территории пруссов был АдАльберт (Войцех Войцер)  в 997 году. Пруссы плохо приняли его и двух его друзей, пришедших обратить их в христианство и убили Адальберта (похоронен в Польше).

         Братья Тевтонского ордена приносили три обета:  обет безбрачия, обет бедности и обет послушания. Была у рыцарей своя форма: белые плащи с чёрным крестом на спине (отсюда - крестоносцы). С вечера до утра у братьев был обет молчания. Глава Тевтонского ордена вначале носил титул магистра, потом, начиная с 1210 года, имел титул хохмейстера. В 1237 году он стал именоваться великим магистром, или гроссмейстером.

       Итак, в 1226 году польский король Конрад Мазовецкий приглашает к себе Орден (гроссмейстером тогда был Герман фон Зальца), чтобы те защитили Польшу от пруссов, и подарил им  Кульмскую (Хельминскую) землю, а чуть позже дарит  им и землю Пруссов, ещё ими не завоёванную.

        Начинаются столкновения пруссов с рыцарями - в 1230 году. Позже битва при Сиргуне в 1233 году, которая завершилась победой крестоносцев. К 1239 году пруссы были вытеснены с правобережья р. Ногата, занимаемого ими с V века н.э. В стратегически важных пунктах на побережье Помезании и Натангии крестоносцы заложили замки Эльбинг (1237 г.) и Бальгу (1239 г.) Прусские воины организовали осаду Бальги, но безуспешно.

        Замок Бальга назван так в честь помощника Великого магистра Тевтонского ордена и построен на месте прусского поселения Хонеда (которое было сожжено) на берегу залива Фриш-Гафф (сейчас Калининградский залив). До сих пор в Багратионовском районе сохранились остатки прусских укреплений у пос. Московское (городище Партегаль), Тимирязево и Сосновка.

    Устроенные пруссами в северной части Балтийской косы оборонительные валы (у пос. Мечниково и г. Приморска) не остановили продвижения крестоносцев. Рыцари выталкивали прусское ополчение с запада на восток, от Гермау (пос Русское) до Каймена (пос. Заречье) и Тапиау ( г. Гвардейск). Промежуточным пунктом на этом кровавом пути рыцарей стал замок Варген (пос. Котельниково к северу от Калининграда), где они провели зиму 1254/1255 годов. Это - единственное сохранившееся до сегодняшнего времени тевтонское укрепление, на котором не были возведены впоследствии каменные стены.

    Из замка Варген Оттокар II отправился на юг, к устью реки Прегель.  Чешский король вздумал для защиты веры воздвигнуть замок! Так, на месте сожжённого прусского городища Твангсте по велению Оттокара в 1255 году был заложен замок Кёнигсберг!

      1260 год знаменовал собой начало последней, решающей фазы борьбы пруссов за независимость. Победа куршей и литовцев над войсками Тевтонского и Ливонского орденов у озера Дурбе 13 июля 1260 года всколыхнула Пруссию. Тогда же в 1260 году пруссы начали двухлетнюю осаду замка Кёнигсберг, но в 1262 году  орденское подкрепление сорвали её.

     В 1275 году пало одно из последних крупных укреплений пруссов - городище Камменсвике. Его мощные руины сохранились у посёлка Тимофеевка Черняховского района.

     Пруссы, не желавшие покоряться крестоносцам, массами уходили за пределы родины и оседали в Литве, вливаясь в войска литовских князей. В это время пруссы появляются и на Руси.

    1283 год традиционно считается последним годом прусской независимости. Тогда ушёл в Литву последний вольный ятвяжский вождь Скудо из Касимы. А перед Тевтонским орденом открылась, наконец, возможность создания на завоёванной земле собственного государства.