* В фильме показана сцена разрушения моста в Лондоне, в книге об этом только упоминается.
* Нет сцен с Дурслями. Дамблдор забирает Гарри для того, чтоб уговорить Слизнорта вернуться в школу прямо с улицы Лондона.
* Во всём фильме отсутствуют Флёр Делакур и Билл Уизли, сцены в «Норе» перед началом учебного года урезаны до минимума.
* Нет заседания клуба Слизней в поезде, Гарри просто использует Порошок мгновенной тьмы, чтобы спрятаться на багажной полке над головой Малфоя и подслушать, чего ради он наведывался в «Боргин и Бэркес». После нападения Драко Поттера находит не Тонкс, а Полумна (в этом ей помогают Спектральные очки «против мозгошмыгов»).
* Из всех воспоминаний показаны только два: воспоминание Дамблдора о том, как он познакомился с маленьким Томом Реддлом и воспоминания Слизнорта (сперва «отредактированные», потом истинные) о том, как подросший Реддл спрашивает его о крестражах.
* Нового министра магии Скримджера тоже нет в фильме. Зато в Рождество на «Нору» нападают Пожиратели во главе с Беллатрисой Лестрейндж. Лишь Гарри смог преодолеть круг заколдованного огня вокруг дома и броситься в погоню за Беллой, которой не простил убийства Сириуса. За ним бросается Джинни (для неё круг тоже разомкнулся), и лишь потом — гостившие в Норе Тонкс и Люпин, и мистер Уизли. Сцена заканчивается тем, что «Нора» полностью сгорает в волшебном пламени, но все успевают выскочить и остаются живы.
* Показано, как Драко проводит опыты с Исчезательным шкафом, добиваясь, чтобы этим путём можно было безопасно пользоваться Пожирателям, чего не было в книге.
* Джинни Уизли сама отводит Гарри в Выручай-комнату, чтобы навсегда спрятать учебник по зельеварению (причём, Гарри соглашается даже не подсматривать, куда девушка запрячет книгу, научившую его страшному заклятию Сектумсемпра).
* Джинни и Гарри целуются только один раз, там же, в Выручай-комнате, а не после победы Гриффиндора в квиддич.
* Из Хогвартса в Пещеру Дамблдор и Гарри просто трангрессируют (намекается, что Дамблдору, как директору, это позволено). Таким образом, из фильма убран персонаж мадам Розмерты.
* В сцене убийства Дамблдора Гарри не стоит в сторонке под мантией-невидимкой, обездвиженный директором, а прячется где-то под лестницей. Это смотрится странно, потому что Поттер не делает никаких попыток помешать убийству (обьяснение этому находится только одно: Гарри думал, что Снегг, который его заметил, остановит пожирателей и спасет директора).
* Практически отсутствует битва в Хогвартсе. Беллатриса просто громит в упоении Большой Зал, и поджигает хижину Хагрида, и это всё.
* Нет сцены похорон Дамблдора. Правда, над поверженным директором все преподаватели и ученики Хогвартса поднимают зажжёные волшебные палочки, отдавая своеобразный салют, отчего рассеивается Черная Метка, повешенная Беллой над Астрономической башней после (а не до, как в книге) убийства Дамблдора.
* Вагон, в котором едет в Хогвартс Драко Малфой — «общий». Согласно книге, он ехал в таком же купейном вагоне, как и прочие студенты.
* Северус Снегг (Снейп) не попросил у Гарри учебник по зельеварению, а просто начал читать антизаклинание. Спрятать учебник Гарри решил по собственной инициативе.