Ïàòðèàðøåñòâî ñâÿùåííîìó÷åíèêà Ãåðìîãåíà (1606-1612) ñîâïàëî ñ òðóäíûì ïåðèîäîì â ðóññêîé èñòîðèè – Ñìóòíûì âðåìåíåì. Îí îòêðûòî âûñòóïàë ïðîòèâ èíîçåìíûõ çàõâàò÷èêîâ, ïðîòèâ âîçâåäåíèÿ íà ðóññêèé ïðåñòîë ïîëüñêîãî êîðîëåâè÷à. Âî âðåìÿ ãîëîäà, íà÷àâøåãîñÿ â Ìîñêâå, Ïàòðèàðõ ïðèêàçàë îòêðûòü äëÿ ãîëîäàþùèõ ìîíàñòûðñêèå æèòíèöû. Ïðè îñàäå Ìîñêâû âîéñêàìè Ìèíèíà è Ïîæàðñêîãî ñâÿòèòåëü Ãåðìîãåí áûë íèçëîæåí ïîëÿêàìè è çàêëþ÷åí â ×óäîâîì ìîíàñòûðå ïîä ñòðàæó, ãäå óìåð îò ãîëîäà è æàæäû.
Ôåäîð Íèêèòè÷ Ðîìàíîâ-Þðñêèé, ïîñëå ñìåðòè öàðÿ Ôåäîðà, áûë îäíèì èç çàêîííûõ ïðåòåíäåíòîâ íà Ðóññêèé òðîí, òàê êàê ÿâëÿëñÿ ïëåìÿííèêîì Èîàííà Ãðîçíîãî. Ïîïàâ â îïàëó ïðè Áîðèñå Ãîäóíîâå, Ôåäîð Ðîìíîâ-Þðñêèé áûë ïîñòðèæåí â ìîíàøåñòâî ñ èìåíåì Ôèëàðåò.  Ñìóòíîå âðåìÿ Ëæåäìèòðèé II çàõâàòèë ìèòðîïîëèòà Ôèëàðåòà â ïëåí, ãäå îí ïðîáûë äî 1619 ãîäà. Çåìñêèé Ñîáîð 1613 ãîäà èçáðàë íà ðóññêîå öàðñòâî Ìèõàèëà Ðîìàíîâà, ñûíà ìèòðîïîëèòà Ôèëàðåòà, óòâåðäèâ çà ïîñëåäíèì òèòóë Ïàòðèàðõà. Ïàòðèàðõ Ôèëàðåò (1619-1633) ñòàë áëèæàéøèì ñîâåòíèêîì è ôàêòè÷åñêèì ñîïðàâèòåëåì öàðÿ Ìèõàèëà.
Èçäàíèå Ïàòðèàðøåãî ïîäâîðüÿ Ñàíêò-Ïåòåðáóðãà
Ñâîèì ïðååìíèêîì Ïàòðèàðõ Ôèëàðåò íàçíà÷èë àðõèåïèñêîïà Ïñêîâñêîãî è Âåëèêîëóêñêîãî Èîàñàôà (1634-1640). Ïàòðèàðõ Èîàñàô ïðîèçâåë áîëüøóþ ðàáîòó ïî èñïðàâëåíèþ áîãîñëóæåáíûõ êíèã, çà øåñòü ëåò åãî ïðàâëåíèÿ áûëî âûïóùåíî 23 êíèãè, èç êîòîðûõ ìíîãèå áûëè íàïå÷àòàíû âïåðâûå. Çà åãî êîðîòêîå ïðàâëåíèå áûëî îñíîâàíî òðè ìîíàñòûðÿ è âîññòàíîâëåíî ïÿòü ïðåæíèõ, çàêðûâøèõñÿ ðàíåå.
Èçäàíèå Ïàòðèàðøåãî ïîäâîðüÿ Ñàíêò-Ïåòåðáóðãà
 ñâîåé äåÿòåëüíîñòè Ïàòðèàðõ Èîñèô (1642-1652) áîëüøîå âíèìàíèå óäåëÿë äåëó äóõîâíîãî ïðîñâåùåíèÿ. Ïî åãî áëàãîñëîâåíèþ â 1648 ãîäó â Ìîñêâå áûëî îñíîâàíî äóõîâíîå ó÷èëèùå ïðè Àíäðååâñêîì ìîíàñòûðå – «Ðòèùåâñêîå áðàòñòâî». Èìåííî áëàãîäàðÿ Ïàòðèàðõó Èîñèôó óäàëîñü ñäåëàòü ïåðâûå øàãè ê âîññîåäèíåíèþ Óêðàèíû (Ìàëîðîññèè) ñ Ðîññèåé.