Настали буремні часи Української революції та громадянської війни. З листопада 1917 року до квітня 1918 року дача Київської Духовної Академії, що розташовувалась тут, перебувала в руках селян, але церква продовжувала діяти. 1922 р. священство та громада церкви перейшли під омофор Української Автокефальної Православної Церкви. Храм відвідав Митрополит УАПЦ Василь Липківський. Наприкінці 1920-х років діяльність УАПЦ була заборонена, а більшість її священиків – репресовано. З цієї причини 1926 р. церкву Братської Борщагівки знову було підпорядковано Російській Православній Церкві Московського Патріархату. Відтак, відправи в церкві велись із перервами до 1935 р., відколи розпочалося її цілеспрямоване нищення атеїстично налаштованою радянською владою.

Прийшли сумні часи, як для всього українського народу, так і для Храмів – осередків духовності народу. Спочатку було заарештовано, а згодом і репресовано правного священика Миколу Бортовського. Були знесені бані, дзвіниця, пограбоване церковне майно, ікони. Без сліду зникла чудотворна ікона Божої Матері Живоносного Джерела, яка була особливо шанованою місцевою святинею протягом декількох століть. Після таких атеїстичних погромів, згідно постанови президії Київської Міськради від 29 травня 1936 р., храм було взагалі закрито на підставі того, що мовляв “церква не функціонує з минулого року, а релігійна громада розпалася й бажаючих поповнити п`ятдесятку нема”. Перед самою війною були також зруйновані каплиці з колодязями над чистими джерелами, відомими з вікопомних часів.
 Спершу приміщення храму планувалось використати під культосвітні потреби, але згодом це питання вирішили цілком в дусі того часу – тут влаштували колгоспне зерносховище. Духовне життя парафії поновилося, як це не дивно у 1941 році, із початком тимчасової німецької окупації, клопотанням священика Івана Лазаровича Коваленка та громади. Було знов відкрито церкву. В цей час її перейменували на храм Казанської ікони Божої Матері, очевидно з причини втрати намісного образу Живоносного Джерела. Отець Іван прослужив при ній включно до 1960р.
В 1968 р. церкву остаточно закрили, а приміщення віддали фабриці кінопрокату. Потім його передали на баланс Центрального Парку Культури та відпочинку. Дирекція парку намагалась знову влаштувати тут клуб. Будівлю колишнього парафіяльного училища було зруйновано в 70-х роках при будівництві житлового масиву.

В 1980-х же роках, коли тривала інтенсивна розбудова Південної Борщагівки, міська влада вирішила використати будівлю колишнього Храму Казанської Ікони Божої Матері під центр дозвілля молоді. За рішенням № 98 від 03.02.86р. виконкому Київської міської Ради народних депутатів приміщення церкви передавалось міській раді ДСТ “Спартак” з наказом провести капітальний ремонт будівлі із пристосуванням під підлітковий клуб. Проектом передбачалось оббудувати останки церкви, що збереглись, двохповерховою частиною з підвалом, над склепінням передбачалось створити деяку подобу купола. При цьому стіни церкви частково руйнувалися, їх пластика знищувалась. Церква мала бути похована в обіймах клубу фехтувальників “Олімпія”. Будівельні роботи з 1987р. проводились генеральним підрядником – ВО “Електронмаш”, але виконувались вони незадовільно через погане фінансування.
В той самий час місцеві православні громади неодноразово звертались до влади колишнього Ленінградського району з проханням про повернення їм будівлі колишньої церкви. Врешті, 24 березня 1992р. Рада народних депутатів району ухвалила рішення про передачу недобудованого центру “Олімпія” місцевим громадам УАПЦ та УПЦ, згідно їх прохання. Прийшов для Храму час підняття з руїн, час повернення. В 1995р. в приміщенні центру розпочав богослужіння храм Казанської ікони Божої Матері Української Православної Церкви Київського Патріархату (УПЦ КП).
27 березня 1996р. до парафії призначено нового настоятеля – протоієрея Валерія Семанцо. З цього часу і почалось невпинне відродження однієї із святинь українського народу, відбудова нашого Храму.
У зв’язку з перебудовами та руйнуваннями, яких зазнала будівля церкви, що втратила свій первісний вигляд, для її відбудови необхідно було провести значні дослідження.
Передусім було проведено величезну дослідницьку роботу, для того, щоб зберегти рештки вцілілої будівлі, а згодом розпочалась робота з власне відбудови. На допомогу прийшло багато православних віруючих. З купольної частини храму зняли металеву конструкцію, а у середині храму на висоті трьох метрів обрізали металеву доріжку, з якої судді та глядачі мали б спостерігати за фехтувальним боєм. Вивезли біля 1000 куб. м. ґрунту. Робота кипіла, і вже восени 1996р. в добудованій частині із західного боку храму, де планувалось раніше приміщення для лекцій, був влаштований тимчасовий храм, в якому почали звершуватися богослужіння (тепер це – нижній храм, присвячений Казанськїй Іконі Божої Матері).

Перед настоятелем і будівельниками постало питання: яким бути храму? Він був збудований для жителів навколишніх сіл, тобто на невелику кількість парафіян. Але колишня Братська Борщагівка перетворилася на великий масив і тому місткість старого храму не могла задовольнити потреби його жителів. Враховуючи це та фінансові можливості було розроблено проект, в якому реконструкцією було передбачено збереження існуючих приміщень і витрати на будівництво були зведені до мінімуму.
Протягом 1997-98 років споруджено дві башти у східній частині храму та малі бані на них, а також дзвіницю. 5 листопада 1998 року встановлено центральну баню, схожу на блакитне зоряне небо. І знову залунали дзвони, закликаючи людей до молитви, до відродження. У церкві з 1998 року о. Валерію співслужать священики Богдан Тимошенко та Роман Музика. Щороку на храмове свято спочатку Казанської ікони Божої Матері, а відтепер – Живоносного Джерела нашу парафію відвідує Святійший Патріарх Київський і всієї Руси-України Філарет. Його парафія святкує на Великодньому тижні, у Світлу П`ятницю.
4 листопада 1999р., на храмове свято Казанської Ікони Божої Матері, на центральній бані встановлено Великого хреста, який освятив перед тим єпископ Вишгородський Даниїл (Чокалюк).
16 березня 2002 року відбулося освячення храму Живоносного Джерела, яке здійснив Святійший Патріарх Київський і всієї Руси Філарет. За відродження і відбудову церковної святині Святійший Патріарх Київський і всієї Руси-України Філарет нагородив настоятеля храму протоієрея Валерія Семанцо митрою. Храм став центром Святошинського благочиння УПЦ КП.
 При Храмі вже шостий рік працює недільна школа для дітей. Тут діти вивчають Біблійну історію, Закон Божий, вчаться любити своїх ближніх, свій народ. При храмі створена бібліотека духовної літератури, утворений інернет-сайт www.hram.kiev.ua і діє благодійна їдальня, яка щодня годує немічних та пристарілих.