В 1627 году на высоком берегу реки Лесной Воронеж по именному указанию царя Михаила Федоровича Романова старцем Иосифом был основан мужской Троицкий монастырь.

Обитель старца находилась посреди дубовой рощи на берегу реки, ее противоположный берег называли «ногайской стороной». Сподвижниками старца Иосифа были старцы Пафнутий, Агафоник и Нифонт. Монастырю были отведены лесные и сенные угодья, в 1635 году ему принадлежало семь крестьянских дворов. В 1636 году монахи получили благословение архиепископа Антония Рязанского на сооружение храма во имя Святой Троицы с приделом во имя Успения Пресвятой Богородицы. Первая церковь была деревянной и небольшой. 5 сентября того же года царь и великий князь всея Руси Михаил Феодорович повелел своим ясельничим и воеводам Ивану Биркину и Михайлу Спешневу ехать в Дикое поле и строить новый город Козлов как одно из звеньев в цепи городов Белгородской засечной черты. Тульская засечная черта уже не сдерживала натиска крымских и ногайских татар. «Ведомо нам учинилось, что степью меж Воронежских и Ценских верхов, мимо Урлапова городища, приходят в Русь войною крымские и ногайские люди… и православных крестьян побивают и в полон емлют…».

Под личной опекой царя находилась Козловская обитель в 1641 году. По грамоте Михаила Феодоровича монастырь получил «рыбные ловли и бобровые гоны» на Лесном Воронеже и место для постройки мельницы, позже — участок земли вдоль берега для просушивания неводов и для причала.

К середине XVII века Белгородская засечная черта была построена. Монастырь, расположенный с южной стороны Козлова, был вынужден принимать на себя тяжесть татарских и калмыцких набегов.

В 1627 году, за несколько лет до основания Козлова, старцем Иосифом был основан мужской Троицкий монастырь. Нашедший близ реки Лесного Воронежа пустынное, покрытое в то время густым лесом место, он несколько лет жил уединённо. Со временем его уединённая и благочестивая подвижническая жизнь стала известна, и к нему присоединились ещё несколько человек, его сподвижников. До нас дошли имена трёх из них, старцев Пафнутия, Агафоника и Нифонта. В 1636 году жители новой пустыни испросили у Рязанского Архиепископа Антония благословение на сооружение храма во имя Живоначальной Троицы, с приделом во имя Успения Богоматери. При получении от преосвященного Антония грамоты, церковь была освящена в 1638 году 18(28) и 22 мая (1 июня) самим старцем Иосифом, поставленным в игуменский чин. В новой обители было всего пять небольших братских келий. Икон и церковных книг было очень мало. Колоколов же не было вообще, а для призыва к церковной службе ударяли в доску. По милости царя Михаила Феодоровича обитель хотя и была снабжена различными угодьями, но средства содержания так были скудны и притеснения соседних жителей так были тяжелы, что иноки около 1645 года хотели оставить монастырь, и ему грозило запустение. Но новые милости царя поддержали обитель; он дал ей новые средства к существованию и защитил её от притеснений. Мало-помалу началось строительство монастыря.