Родился в Лейтмерице (ныне Литомержице, Чехия) 10 апреля 1877. Первоначально учился на фотографа и мечтал о военной карьере. Затем (с 1898) занимался в мюнхенской Академии художеств. Испытал большое влияние О.Редона (с которым лично познакомился в Париже в 1905) и Дж.Энсора. Сотрудничал в журнале «Симплициссимус» (с 1902). Стал (вместе с В.В.Кандинским и другими художниками) одним из основателей «Нового мюнхенского объединения художников» (1909), а в 1911 вошел в состав группы «Синий всадник». С 1906 уединенно жил в поместье Цвикледт (Верхняя Австрия).

Прервав ранние опыты беспредметной живописи, выступал преимущественно как график, предпочитая рисунок тушью и литографию. Практически всю свою творческую жизнь активно работал как художник-иллюстратор, создав массу рисунков к произведениям Э.А.По, Ф.М.Достоевского, Э.Т.А.Гофмана, В.Гауфа, Г. фон Клейста, Жана Пауля, Г.Гауптмана, Ю.Стриндберга, Г.Тракля и других авторов, в том числе к собственным литературным творениям.

Нарисовал целый ряд графических циклов, частично опубликованных в виде папок (Занзара, 1911; Пляска смерти, 1915; На краю жизни, 1921; Святочная ночь, 1925; Демоны и ночные образы, 1926; Новая пляска смерти, 1947). Его гротески и фантазии порой обретали четкость галлюцинаций (таков исполинский монстр, олицетворяющий свирепую агрессию в знаменитом рисунке Война, 1903), но чаще принимали вид зыбких снов о человеке как неисправимо порочном и саморазрушительном существе, «способном лишь (по словам Кубина) переделывать свою собственную неопределенную реальность в ту ирреальность, что мы называем миром».

Издал книги Другая сторона (1909; роман, который признан лучшим его сочинением), а также С разных уровней, 1922; С письменного стола рисовальщика, 1939; Вечерняя заря, 1952). Фантастические «персональные мифологии» сочетаются в них с философской эссеистикой. Был дружен с Э.Юнгером, оставив интересную переписку, представленную, вкупе с текстами Юнгера о Кубине, в их совместной книге Встреча (1975). Умер Кубин в Цвикледте 20 августа 1959.