ну на самом деле в системных либах есть небольшие разницы, я как-то в linux начал пробовать писать (тоже что-то простенькое-консольное) и заметил, что компилятор чего-то не так компилит, как это было бы в винде...
Ещё возможны разницы из-за несовпадения версий библиотек,имен заголовочных файлов... хотя разницы может и не быть...
под виндой я пользовался visual c++ 6, потом перелез на visual studio.net... (потом, правда забил вообще на програмирование... счаз делюсь остатками того, что отложилось в памяти...) Написание кода в этих средах и в linux могло различаться в некоторых случаях.

Короче, если что-то у тебя будет глючить после "портирования" под винду - не удивляйся, это нормально)) Если честно, по мне так лучше не лениться и ребутнуться лишний раз, если не хочется потом в инсте втыкать, что это не так работает.
Ну а если хочется не просто отмазаться от ДЗ, а хочется как следует со всем разобраться - флаг в руки, пиши под linux, сверяй с виндовой версией))

Я для своего первого года универа использовал Anjuta как IDE с gcc ну или ++ компилятором, какой больше нравится. Все работало успеешно.