скорее всего проблема именно с айподом. потому что, если после переустановки винды все проблемы, кроме этой, были устранены, то значит лагает именно он.
с другой стороны, если резон попробовать подключить айпод к другому компу. если история повторится, то значит проблема точно в нем. неси в ремонт.