Пару раз помогало пройтись по айподу лечилкой Дискдоктором. По крайней мере, после этого проблема пропала. Но у меня винт на 80 Гб. Может и флешнутой модели дискдоктор поможет.

Вообще, проблемы с айподом начинаются, как правило, при подключении к виндавсу. С МАСом вроди бы вообще проблем не наблюдалось за три года.