А, вот в чем дело.
Синхронизация покалечит только то, что доступно в айтюнсе. То, что было записано как на внешний диск, останется на месте. Это однозначно!

Не уверен в том, какая часть музыки может пострадать:
1. Сотрется абсолютно вся музыка и запишется новая.
2. Сотрется только та музыка, которая была плейлистах для синхронизации на другом компьютере.

Точно сказать пока не могу, т.к. синхронизация обычной музыки мне не пригодилась, а проводить такой эксперимент сейчас не хочется, некуда слить 50Gb всякой гадости, да и плейлисты организовывать заново лень :).

Фильмы.
Если фильмы для просмотра на айподе, то не исключено, что они потеряются, т.к. записывались через айтюнс.

AVI? Ну, это, для просмотра НЕ в айподе, а обычным видеоплеером, которым ты фильмы с CD смотришь.

В любом случае, я вечером попробую с аподом жены такое проделать, благо там всего 4Gb. Можешь потерпеть до вечера или завтрашнего утра?