он слишком логичен.

когда ты удаляешь что-то из папки, которую синхронизируешь, удаляет и он при ближайшем обновлении.

поэтому папки на твоём пк, где систематизированы фотографии трогать не надо. пусть там лежит то, что ты желаешь видеть на айподе.