Антибиотики обычно пьют после еды, хотя особых указаний по приему амоксицилина нет. Дизбактериоз был скорее всего от большой дозы препарата, либо от его длительного применения. При язве назначают амоксицилин по 500 мг., есть по 250. Если плохо переносишь антибиотики лучше пить по 250. На приеме у врача не стоит стесняться, нужно сразу спрашивать все, что не понятно. Сколько, чего и когда пить.