Музыкальную деятельность начал в середине 1980-х годов в г. Омске, сформировав вместе с единомышленниками (наиболее известный из них, являющийся постоянным соратником Летова, Константин Рябинов (Кузя Уо)) рок-группу «Посев», а позднее рок-группу «Гражданская оборона». На заре своей деятельности музыканты «Гражданской обороны» по причине политических гонений со стороны властей были вынуждены записывать свои музыкальные произведения в полуподпольных квартирных условиях.

В 1987 — 1989 годах Летовым и его соратниками был записан целый ряд альбомов «Гражданской обороны» («Красный альбом», «Хорошо!», «Мышеловка», Тоталитаризм”, «Некрофилия», «Так закалялась сталь», «Боевой стимул», «Всё идёт по плану», «Песни радости и счастья», «Война», «Армагеддон Попс», «Здорово и вечно», «Русское поле экспериментов»), в это же время записывались альбомы проекта «Коммунизм» (Егор Летов, Константин Рябинов, Олег Судаков (Манагер)), началось сотрудничество Летова и Янки Дягилевой.

Несмотря на полуподпольность существования музыкантов и их т. н. ГрОб-студии, к концу 1980-х и, особенно, в начале 1990-х годов они получили широкую известность в СССР (позднее России), преимущественно в молодёжных кругах. Песни Летова отличались мощной энергетикой, живым, простым, энергичным ритмом, нестандартными, подчас шокирующими текстами, своеобразной грубоватой и, вместе с тем, изысканной поэзией.

В начале 1990-х годов Летовым в рамках проекта «Егор и опизденевшие» записаны альбомы «Прыг-скок» (1990) и «Сто лет одиночества» (1992), являющиеся одними из наиболее популярных и любимых в народе его альбомов. В 1994 году Летов становится одним из лидеров национал-коммунистического рок-движения «Русский прорыв», ведёт активную гастрольную деятельность.

В 1995—1996 годах записывает ещё два альбома «Солнцеворот» и «Невыносимая лёгкость бытия» (его группа вновь называется «Гражданская оборона»); музыка в этих альбомах становится более отточенной, «гранёной», тексты теряют излишнюю грубость, становясь более поэтичными, каждая песня напоминает гимн, приобретая вместе с тем психоделичность.

До недавнего времени музыкант исповедовал идеи национал-коммунизма, однако в феврале 2004 года официально открестился от любых, в т. ч. националистических, политических сил. До последних лет интерес к творчеству Егора Летова ослабевал, пока в 2004-2005 годах вышли два новых альбома группы «Долгая Счастливая Жизнь» и «Реанимация», в которых были собраны все песни, написанные с выхода альбомов «Солнцеворот» и «Невыносимая лёгкость бытия» в середине 90-х. Альбомы «Долгая Счастливая Жизнь» и «Реанимация» отличаются ещё большей поэтичностью, их часто называют лучшими творением группы за всю её историю. Во многом это обусловлено жизненным опытом самого Егора Летова, поскольку в последних альбомах звучат уже более глубокие цитаты, самоцитаты и метафоры, большее желание внутренней свободы. Сейчас с выходом последних альбомов группа, уже почти ставшая легендой, снова стала актуальна.