Каждая из шести нормативных чакр обладает обильной символикой, включающей ее соответствия определенным космическим элементам (заимствованным из санкхьи), графические образы, буквы санскритского алфавита и мифологические персонажи. Нижняя чакра, муладхара ("опора основания"), соотносится с областью ниже гениталий, ее знаком является четырехугольник, соответствующим космологическим элементом — земля, графическим образом — желтый лотос (символ процветания) с четырьмя красными лепестками, божеством — Брахма с четырьмя Ведами или Ганеша (как покровитель всех начинаний). Следующую чакру, свадхиштхану ("установление себя"), тантристы помещают в области гениталий и соотносят, соответственно, с луной или кувшинкой, с водой, белым лотосом с шестью красными лепестками и Варуной или Вишну. Третью — манипуру ("изобилие драгоценностей") — локализуют на уровне пупа и связывают со знаком свастики, огнем, алым лотосом с 10 серыми лепестками (символизирующими дым) и с Агни или Рудрой. Следующую чакру, анахату ("изначальный звук"), устанавливают на уровне сердца и соотносят с шестиугольником, ветром, черным лотосом с 12 лепестками цвета киновари и с Шивой в образе трехглазого Иши (аспект владычества). Пятая — вишуддха ("очищенная") — локализуется на уровне гортани и снабжается, соответственно, кругом, пространством, прозрачным лотосом с 16 серыми лепестками и Шивой в образе Садашивы с его супругой Садагаури (аспект вечности). Последнюю чакру, аджню ("предписание"), тантристы помешают над бровями или на уровне бровей и "обеспечивают" ее треугольником, соответствием трем ментальным способностям (ум-манас, эготизм-аханкара и интеллект-буддхи), лотосом с двумя лепестками и Шивой в образе Шамбху (аспект милости). К шести чакрам добавляется еще одна — сахасрара ("тысяча спиц колеса"), помещаемая в верхушке черепа, которой соответствуют первоматерия Пракрити и белый тысячелепестковый лотос. Чакры "нанизаны" на центральный из 72 000 артериальных каналов (нади) сушумну и связаны также с двумя дополнительными — идой и пингалой. Отдельные тантрические школы по-разному модифицируют систему чакр. Популярным было добавление еще двух — канды ("луковицы"), помещаемой в области между гениталиями, где пересекаются множество артериальных каналов, и пупом, и двадашанты ("имеющей 12 концов") — на высоте 12 пальцев над черепом. Другие школы добавляли чакры-грантхи ("узлы"), связующие шесть основных. Шиваиты-натхи сочли оптимальным числом девять. Кашмирская традиция кула предлагает иную номенклатуру чакр и сводит их к четырем. Четырехчастный ряд чакр был принят и буддийскими тантристами, помещавшими их в области пупа, сердца, горла и головы.

Смысл этой физиологии состоял в обосновании практики кундалини-йоги, которая заключается в "пробуждении" кундалини, мыслимой в виде змеи, свернувшейся в три с половиной кольца вокруг сушумны и "застывшей" в нижней чакре муладхаре. Цель практиканта — заставить ее с помощью особой психотехники подняться поэтапно по всем последующим чакрам вплоть до высшей (сахасрара), где происходит ее слияние с самим Шивой. В ходе тантрической йогической практики чакры визуализируются по всем вышеназванным своим параметрам, и своей кульминации эта "созерцательная дисциплина" достигает в визуализации совокупления кундалини с ее небесным возлюбленным.