В 1918 году жил с семьёй в Перми. Весной 1918 непродолжительное время состоял на службе в штабе подчинённого советским властям Приволжского военного округа в Самаре. Никакого участия, однако, ни в становлении формируемой красной армии, ни, тем более, в боевых действиях на стороне красных не принимал.От предложенной красными должности заведующего отделом Окружного штаба отказался.При первой же возможности — сразу после занятия Самары восставшими против пытавшихся их разоружить и интернировать большевиков войсками Чехословацкого корпуса и начала местного восстания — оказался в Народной армии Комитета членов Учредительного собрания на должности помощника начальника Оперативного отдела Главного штаба. На этом посту Владимир Оскарович оставался менее суток… Численность первых добровольческих частей — пара рот пехоты, эскадрон кавалерии и конная батарея о двух орудиях — была ничтожна в сравнении с начинавшими нависать со всех сторон силами красных. Поэтому желающих командовать первыми самарскими добровольцами среди офицеров было немного — все считали дело заранее обреченным на провал. Вызвался только один подполковник Каппель:
“ Согласен. Попробую воевать. Я монархист по убеждениям, но встану под какое угодно знамя, лишь бы воевать с большевиками. Даю слово офицера держать себя лояльно КОМУЧ-у”

И Каппель «повёл», да так удачно, что уже в июне — августе его имя стало греметь по всей Волге, Уралу и Сибири. Каппель брал не числом, а умением, по-суворовски, что уже показала его первая блестящая операция в Сызрани. Монархист по убеждениям, далёкий от взглядов руководителей-эсеров КОМУЧа, В. О. Каппель был уверен, что главной задачей момента была борьба с большевизмом. Для него было не столь важно, под какими лозунгами шла работа КОМУЧа, главное — возможность немедленно вступить в борьбу с советской властью… Сначала уничтожив эту власть — потом можно было бы уже обустраивать Россию на основе тысячелетнего опыта её развития и существования.
...

Великий Сибирский Ледяной поход. С ноября 1919 — генерал-лейтенант. В середине ноября 1919 Каппель был назначен командующим 3-й армии, составленной в основном из пленных красноармейцев, не прошедших достаточной подготовки. Они, в большинстве, при первой возможности, переходят на сторону красных. Во время крушения власти правительства Колчака — главнокомандующий белыми войсками в Сибири (с 12 декабря 1919, после оставления белыми войсками Новониколаевска). С непрерывными боями войска Каппеля отходили вдоль железной дороги, испытывая огромные лишения в условиях 50-ти градусного мороза, совершив беспримерный 3000-верстный путь от Омска до Забайкалья.

15 января адмирал Колчак был выдан чехами эсеро-меньшевистскому Политцентру, захватившему Иркутск. Узнав об этом, Каппель вызвал на дуэль командующего чехами и словаками в Сибири Яна Сырового, однако не получил от него ответа на вызов. В ходе отступления под Красноярском в начале января 1920 года армия Каппеля была окружена в результате мятежа генерала Зиневича, потребовавшего от Каппеля сдачи в плен. Однако, после ожесточённых боёв, каппелевцы смогли обойти город и вырваться из окружения.

26 января 1920 года, на разъезде Утай, около станции Тулун близ города Нижнеудинска, Владимир Оскарович Каппель умер от двухстороннего воспаления лёгких. Последними словами генерала были: «Пусть войска знают, что я им предан был, что я любил их и своею смертью среди них доказал это». Генерал Каппель является одним из самых стойких, волевых и талантливых генералов Белых армий Сибири в частности и Гражданской войны в России в целом.
После смерти генерала было принято решение не хоронить его тело на месте его смерти во избежание поругания его большевиками. Отступающие войска везли положенное в гроб тело генерала с собой в течение почти месяца, пока не достигли Читы, где Каппель и был похоронен в Кафедральном соборе Александра Невского. Однако уже осенью 1920 года, при подходе частей красной армии к Чите, оставшиеся в живых каппелевцы перевезли гроб с телом генерала в Харбин и погребли его у алтаря Иверской церкви. На могиле был поставлен памятник, разрушенный китайскими коммунистами в 1955 году . По ряду данных, есть основания предполагать, что разрушение могилы Каппеля было санкционировано секретными директивами КГБ.По воспоминаниям полковника Вырапаева, благодаря предусмотрительности участкового пристава руководившего похоронами в Чите Каппеля похоронили в мерзлоте, и когда при перевозке в Харбин гроб вскрыли, тело не изменилось.
Генералам Гражданской войны

Белая гвардия. Две атаки генерала Каппеля. х. ф. "Адмирал"