Местное прославление Максима Грека совершилось при первом Всероссийском Патриархе Иове в 1591 году, когда по благословению Патриарха были освидетельствованы мощи преподобного: «И открыша, и пойде от мощей его благоухание, и цело и невредимо тело его, и ризы бяше и мантия, и вся на нем покрывало не истле, и на персех руце его, и десная рука согбена крестом». Вскоре составили тропарь и кондак, а также службу преподобному, немного позже появились его иконописные изображения.
Над местом погребения Максима Грека была воздвигнута пристроенная к Духовскому храму часовня – так называемая Максимова палатка. Она неоднократно перестраивалась и расширялась (например, при митр. Платоне (Левшине), затем в 1847 году). А в 1938–1940 годах была уничтожена.
В 1988 году во время празднования 1000-летия Крещения Руси на Соборе, проходившем в Троице-Сергиевой Лавре, среди новопрославленных русских святых канонизирован и преподобный Максим Грек. Оставался открытым вопрос о местонахождении его святых мощей. К моменту общецерковного прославления над могилой не оставалось никаких видимых следов. Поэтому возникла необходимость в археологических раскопках. Работами руководил археолог С.А.Беляев.
24 июня 1996 года духовник Лавры архимандрит Кирилл (Павлов) совершил молебен преподобному Максиму в Духовской церкви Лавры. За богослужением молились братия, воспитанники Московских Духовных школ и участники раскопок.
Сначала с поверхности земли удалили вымостку из каменных плиток, по которой ходили люди. Во избежание ошибок раскапывалась большая площадь – примерно 10 на 6 метров. Наконец у северо-западного угла Свято-Духовской церкви обнаружились фундаменты первой или одной из первых «палаток», сооруженных над могилой преподобного Максима Грека; поиск сосредоточился в основном внутри них. Работы усложнял грунт – сырая тяжелая материковая глина.
Около полуночи 30 июня археологи почувствовали благоухание (которое ощущалось еще несколько дней после), и через некоторое время показалась честная глава преподобного Максима. Работа продолжалась почти до двух часов ночи. Во вторник 1 июля о результатах проведенных работ и об обнаружении честных останков преподобного Максима Грека был сделан подробный доклад Святейшему Патриарху.
Его Святейшество дал благословение на антропологическое освидетельствование, которое ведущие специалисты Российской Академии наук произвели 2 июля. При сопоставлении честной главы с древними изображениями преподобного Максима выявились черты сходства. На основании заключения антропологов, 3 июля 1996 года Святейший Патриарх благословил поднять честные останки.
Мощи преподобного Максима были переложены во временную раку, приспособленную для переноса, и покрыты монашеской мантией.
Святейший Патриарх в сопровождении епископа Орехово-Зуевского Алексия, наместника Лавры архимандрита Феогноста (ныне архиепископа Сергиево-Посадского) и других священнослужителей, в том числе настоятеля подворья Афонского Русского Свято-Пантелеимонова монастыря иеромонаха Феоктиста, возглавил молебен преподобному Максиму Греку. При пении величания участники раскопок подняли и поднесли к краю раскопа раку с честными останками святого, затем ее приняла братия Лавры и насельники московского подворья Свято-Пантелеимонова Афонского монастыря. Раку внесли в Свято-Духовскую церковь и установили на специально приготовленном месте посредине храма. (Подробно о событиях тех дней рассказано в статье С. Беляева «Обретение святых мощей преподобного Максима Грека»// Журнал Московской Патриархии, 1996, № 9.)
До недавнего времени мощи преподобного Максима покоились в Успенском соборе Лавры. 9 апреля 2013 года по благословению Святейшего Патриарха Кирилла они были торжественно перенесены обратно в Духовской храм. Рака установлена на месте обретения мощей Преподобного (у северной стены).

Тропарь преподобному Максиму Греку, глас 8
Зарею Духа облистаем, витийствующих богомудренно сподобился еси разумения, неведением омраченная сердца человеков светом благочестия просвещая, пресветел явился еси Православия светильник, Максиме преподобне, отонудуже ревности ради Всевидящаго отечества чужд и странен, Российския страны был еси пресельник, страдания темниц и заточения от самодержавнаго претерпев, десницею Вышняго венчаешися и чудодействуеши преславная. И о нас ходатай буди непреложен, чтущих любовию святую памятъ твою.

Кондак преподобному Максиму Греку, глас 8
Богодухновенным Писанием и богословия проповеданием неверствующих суемудрие обличил еси, всебогате, паче же, в Православии исправляя, на стезю истиннаго познания наставил еси, якоже свирель богогласная, услаждая слышащих разумы, непрестанно веселиши, Максиме досточудне, сего ради молим Тя: моли Христа Бога грехов оставление низпослати верою поющим всесвятое твое успение, Максиме, отче наш.

Молитва первая преподобному Максиму Греку
Преподобне отче Максиме! Воззри на нас милостивно и к земли приверженных возведи к высоте небесней. Ты горе на небеси, мы на земли низу, удалены от тебе, не толико местом, елико грехми своими и беззаконии, но к тебе прибегаем и взываем: настави нас ходити путем твоим, вразуми и руководствуй. Вся твоя святая жизнь бысть зерцалом всякия добродетели. Не престани, угодниче Божий, о нас вопия ко Господу. Испроси предстательством своим у Всемилостиваго Бога нашего мир Церкви Его, под знамением креста воинствующей, согласие в вере и единомудрие, суемудрия же и расколов истребление, утверждение во благих делех, больным исцеление, печальным утешение, обиженным заступление, бедствующим помощь. Не посрами нас, к тебе с верою притекающих. Вси православнии христиане, твоими чудесы исполненнии и милостями облагодетельствованнии, исповедуют тя быти своего покровителя и заступника. Яви древния милости твоя, и ихже отцем всепомоществовал еси, не отрини и нас, чад их, стопами их к тебе шествующих. Предстояще всечестней иконе твоей, яко тебе живу сущу, припадаем и молимся: приими моления наша и вознеси их на жертвенник благоутробия Божия, да приимем тобою благодать и благовременную в нуждех наших помощь. Укрепи наше малодушие и утверди нас в вере, да несомненно уповаем получити вся благая от благосердия Владыки молитвами твоими. О, превеликий угодниче Божий! Всем нам, с верою притекающим к тебе, помози предстательством твоим ко Господу, и всех нас управи в мире и покаянии скончати живот наш и преселитися со упованием в блаженныя недра Авраамова, идеже ты радостно во трудех и подвизех ныне почиваеши, прославляя со всеми святыми Бога, в Троице славимаго, Отца и Сына и Святаго Духа, ныне и присно и во веки веков. Аминь.

Молитва вторая преподобному Максиму Греку
О, священная главо, преподобне отче, преблаженне авво Максиме, не забуди убогих твоих до конца, но поминай нас всегда во святых твоих и благоприятных молитвах к Богу. Помяни стадо твое, еже сам упасл еси, и не забуди посещати чад твоих. Моли за ны, отче священный, за дети твоя духовныя, яко имеяй дерзновение к Небесному Царю, не премолчи за ны ко Господу, и не презри нас, верою и любовию чтущих тя. Поминай нас недостойных у Престола Вседержителева, и не престай моляся о нас ко Христу Богу, ибо дана тебе бысть благодать за ны молитися. Не мним бо тя суща мертва, аще бо телом и преставился еси от нас, но и по смерти жив сый пребываеши. Не отступай от нас духом, сохраняя нас от стрел вражиих и всякия прелести бесовския и козней диавольских, пастырю наш добрый. Ведуще убо тя воистину и по смерти жива суща, тебе припадаем и тебе молимся: молися о нас Всесильному Богу, о пользе душ наших, и испроси нам время на покаяние, да невозбранно прейдем от земли на небо, от мытарств же горьких, бесов воздушных князей и от вечныя муки да избавимся, и Небеснаго Царствия наследницы да будем со всеми праведными, от века угодившими Господу нашему Иисусу Христу, Емуже подобает всякая слава, честь и поклонение, со Безначальным Его Отцем и с Пресвятым и Благим и Животворящим Его Духом, ныне и присно и во веки веков. Аминь.