Сразу оговорюсь что не буду пистаь про все новое и модное - а ограничюсь 32х разрядно совместимыми журналируемыми файловыми системами для Linux.

1.) Ext3Fs http://ru.wikipedia.org/wiki/Ext3 , третья реинкарнация родной файловой системы для Линукс но снастройками журналирования,показатели быстродейвия у потомка и родители - идентичны.Может быть хорошим выбором,потомучто проверена временем и может быть использована как 2 версия - а это значит совместимость.

2.) Reiser FS http://ru.wikipedia.org/wiki/ReiserFS Написанная сторонней фирмой по заказу сообщества,кроме журнализма - есть различные фитчи с организацией и хранинием данных за счет чего иногда выигрывает по производительности у родной ФС версии 3.

В принципе - выбор между этими двумя ФС - это выбор между надежными подходами - против инновационных.