Схиархимандрит Севастиан с ранних лет был духовно связан с Оптиной Пустынью. Ещё в 4 года он побывал с родителями в Оптиной Пустыни и получил благословение старца Амвросия. Позднее он неоднократно бывал в Оптиной, навещая брата Романа, который был послушником в Иоанно-Предтеченском скиту.
В 1909 году Стефан Васильевич Фомин был принят келейником к старцу Иосифу, а после его смерти в 1911 году остался келейником при старце Нектарии, который переселился в келью старца Иосифа. Духовное руководство старцев Иосифа и Нектария определило всю его дальнейшую жизнь — пострижение в монашество в 1917 и рукоположение в иеромонаха в 1927 году, арест в 1933 и заключение в лагере близ Караганды до 1939 года за веру во Христа.

После освобождения он не вернулся в Россию, так как понял, что в пропитанной человеческими страданиями Караганде и есть место его служения.
Схиархимандрит Севастиан умер на Радоницу 19 апреля 1966 года. Мощи преподобноисповедника Севастиана были обретены 12 октября 1997 года и ныне покоятся в Свято-Введенском соборе города Караганды.