К плюсам innerHTML относится не только скорость, но и простота для разработчика. innerHTML одинаково поддерживают все браузеры. С DOM`ом же у IE (особенно 6ой версии) есть проблемы (например, вставка input type="radio"). Подробнее с ошибками IE можно ознакомиться на Channel9 wiki.

Я вижу только 2 минуса innerHTML:
1. он отсутствует в стандартах. Для меня полностью компенсируется одинаковой поддержкой во всех известных мне графических интернет-браузерах (IE,FF,Opera,Safari,Konqueror).
2. нельзя сразу получить ссылку на созданный элемент. На практике мне несколько раз надо было это сделать. Брал либо через document.getElementById, либо через DOM детей от элемента в который вставляли.

Непрактичность DOM показывает кол-во функций, которые по сути стремятся приблизиться к innerHTML, но используя DOM. Тут, как мне кажется, надо менять стандарт, а не заниматься самоистязанием. Тем более что все основные браузеры уже поддерживают эту функциональность.

Для себя при необходимости вставки нетривиальных DOM-фрагментов я использую innerHTML и текстовые шаблоны, где значения параметрам вида %NAME% подставляется простой заменой подстроки в строке.