Нужно сделать что-то подобное

WS.BeginTrans
  DB.Execute "INSERT INTO T1() VALUES()"
  
  for i=0 to ~11
    DB.Execute "INSERT INTO T2() VALUES()"
  next i

  for i=0 to ~36*12
    DB.Execute "INSERT INTO T3() VALUES()"
  next i

WS.CommitTrans или RollBack, как повезет.

В Т2 есть ФК на Т1, в INSERT будут ссылки будут на еще не закоммиченную запись в Т1, у Т3 тоже самое с Т2, плюс у обоих еще на таблицу-другую которые здесь не меняются.

Всего примерно 360-400 записей, база локальная, не возникнет ли проблем с исполнением и производительностью на слабой машине?

Операция редкая, потерпеть 2-3 мин, при наличии уведомлений от акцесса, можно.

http://www.sql.ru/forum/1302786/budut-li-problemy-s-bolshoy-kmk-tranzakciey