Центральная энергетическая таможня (ЦЭТ) ведет свою историю от отдела таможенного контроля за грузами, перемещаемыми по трубопроводам, линиям электропередачи и водным транспортом, созданного в Московской региональной таможне в июле 1992 года. Нынешнее название носит с 2000 года.