Для шифрования в SQLite были найдены следующие возможные решения:

• SEE — официальная реализация.
• wxSQLite — c++ wxWidgets обертка для шифрования SQLite.
• SQLCipher — использует в реализации openSSL.
• SQLiteCrypt — модифицированная реализация API.
• botansqlite3 — шифрующий кодек для SQLite3 использующий библиотеку botan.
• SQLiteCrypto — java API для Android, использует AES-256 и SHA-256.
• QtCipherSqlitePlugin — SQL плагин для Qt с поддержкой шифрования.

Из рассмотренных решений SEE, SQLiteCrypt and SQLiteCrypto требуют приобретения лицензии. SQLCipher доступен в версии Community Edition, но требует libcrypto.

Наиболее интересным решением из представленного списка, на мой взгляд, является QtCipherSqlitePlugin.
Плагин шифрует «на лету» и полностью интегрирован в API Qt.
хочу шифровать SQLite

http://habrahabr.ru/post/216739/