После распада "Cynic" их басист Шон Мэлоун продолжил свою музыкальную деятельность в качестве сессионного музыканта, принимая участие в записи разных проектов. Кроме того, он писал книги и статьи по музыкальной теории и занимался преподавательской деятельностью в университетах.
В 1996 году он выпускает сольный альбом, но после решает собрать полноценную группу, и уже через 3 года, в 1999-м, выходит дебютный альбом инструментального проекта "Gordian Knot", для участия в котором Шон привлек музыкантов из американских прог-металлических групп: гитаристов Рона Джарзомбека из "Watchtower", Джима Матеоса из "Fates Warning", басиста Джона Мьюнга из "Dream Theater", а также мультиинструменталиста Трея Ганна, который участвовал в позднем составе "King Crimson".
Альбом получился ожидаемо сложным технически, представляя собой смесь прог-металла с джазом, а также с элементами амбиента и этнической музыки. Стилистически группа повторяла "Cynic", но каждый приглашенный участник привнес свои оригинальные идеи, и проект зазвучал по-своему - более зрело, чем "оригинал".
После выпуска альбома все участники проекта разошлись по своим делам в основные коллективы. Но через 4 года Шон собирает новых участников для второго альбома проекта: экс-гитариста "Genesis" Стива Хакетта, барабанщика "King Crimson", "Yes", "UK" Билла Бруфорда, а также бывших товарищей по "Cynic" Джейсона Гобела, Шона Рейнерта и Пола Масвидала.
Благодаря тому, что состав совершенно изменился, второй альбом, оставаясь в прежних стилистических рамках, тем не менее мало был похож на предыдущий:
После выхода альбома новые участники снова разошлись, а Шон собрал новый состав, с которым периодически дает концерты.
