Налогообложение - отдельная боль(ш/н)ая тема. Все очень путано, но для стартапа вполне подойдет упрощенка на первых порах, года на два. Потом, если развитие будет нормальное, все равно придется переходить на обычный режим. Хотя можно создавать отдельные юрлица и выносить часть деятельности туда. Так, чтобы оборот не превышал некоторой величины - и сидеть на упрощенке.
Важный аспект - расходы интернет-компаний зачастую складываются на 90% из зарплат, так как стоимость аренды канала и хостинга относительно выплат программерам и админам - величина смешная (в стартапе, пока трафик не меряется терабайтами, а сервера - дюжинами). Отсюда выход: аутсорсинг или партнерка, чтобы зарплатный фонд был поменьше (усекается ЕСН) - на упрощенке, правда, этой проблемы вроде бы не возникает, там 15% от прибыли или 6% от оборота.

В силу того же факта очень сложно закрывать прибыль расходами, нужно как следует прилагать голову.
Зато есть ускоренная амортизация оборудования - ЭВМ проходит по этому списку.