Зашифровать DNS трафик и уберечь от третьей стороны, поможет DNSCrypt.

Для чего нужен DNS ?

Настройка DNS сервера это хорошо но еще лучше зашифровать трафик между сервером и клиентом то есть вами. Я уже писал в других статьях что такое DNS и делал обзоры на самые продвинутые сервис DNS серверов. Отличие простых DNS от DNSCrypt тем что весь передаваемый трафик от вашего компьютерного устройства и до сервера DNS не шифруется. Единственное что дают простые Сервисы DNS это блокировка подозрительных сайтов. А трафик как писал выше который передается обратно к вашему компьютеру и отсылается запрос с вашего компьютера на DNS сервер проходит в открытом виде

http://helpsetup.ru/encryption/nastrojka_obzor_dnscrypt.html