Собор построен в нео-византийском стиле как храм-памятник устроителю Великого Сибирского пути Императору Александру III Миротворцу. Собор - первое каменное здание города.

Строитель - дворянин, инженер Николай Михайлович Тихомиров (1857- 1900), один из основателей Новониколаевска. Погребен на территории храма, в 1971 году его останки перенесены на Заельцовское кладбище.

Строительство началось в 1896 году. Освящен Собор был 29 декабря 1899 года Епископом Томским и Барнаульским Макарием. В начале 30-х годов храм был закрыт. После возвращения его Русской Православной Церкви вновь освящен в 15 мая 1991 года Патриархом Московским и всея Руси Алексием II.

Здание собора к моменту возвращения находилось в удручающем состоянии. Была взорвана колокольня, изменена внутренняя планировка собора (было оборудовано 3 этажа внутренних помещений). Иконы, церковная утварь и колокола были изъяты, настенные росписи и иконостас полностью уничтожены. Также была полностью уничтожена покрывавшая пол храма голландская кафельная плитка. Наружные стены самого здания находились в изношенном состоянии, так как долгое время не подвергались ремонту. Покрытие куполов пришло в негодность и во многих места прогнило. Снаружи к зданию храма были пристроены различные хозяйственные и подсобные помещения.

Сразу после возвращения храма Русской Православной Церкви в 1989 году началось его восстановление. Была вновь отстроена колокольня, перекрыты купола храма, обновлены поврежденные и пришедшие в негодность фрагменты внешних стен, восстановлена внутренняя планировка и заново отштукатурены внутренние стены храма.

Был частично восстановлен тябловый иконостас, восстановление которого продолжается в настоящее время, заново закуплена необходимая для совершения богослужения церковная утварь, сделано многое другое. В настоящее время ведутся работы по внутренней росписи храма и обустройству иконостаса, которые осуществляются за счет средств прихода.

После повторного освящения собора в нем возобновилась прерванная на десятилетия духовная жизнь. В соборе ежедневно совершаются богослужения, прихожанами активно ведется миссионерская и благотворительная деятельность.

Действующие при соборе Православное Братство и Православное Сестричество окормляют малоимущих, осуществляют поддержку многодетных семей, ведут противоабортную и просветительскую деятельность. Благотворительная деятельность проводится также за счет средств прихода.

Серия сообщений "Цековь, Храмы":
Часть 1 - Собор во имя святого благоверного князя Александра Невского в г. Новосибирск
Часть 2 - Иконы Андрея Рублева
Часть 3 - Корабль-церковь «Андрей Первозванный»
...
Часть 6 - Знаменитые буддийские храмы
Часть 7 - Документальный фильм Юродивые
Часть 8 - Православный пост 2011.