Компания начинает свою историю с 1975 года, когда друзья-студенты Гарварда Билл Гейтс и Пол Аллен, прочитав опубликованную 1 января 1975 года в журнале «Popular Electronics (англ.)» статью о новом персональном компьютере Altair 8800, разработали для него интерпретатор языка Basic. Через месяц, 1 февраля, было подписано лицензионное соглашение с компанией Micro Instrumentation and Telemetry Systems (англ.) (MITS), производителем этого ПК, об использовании Basic в составе ПО для Altair. В этом же году Билл Гейтс в письме к Аллену предложил название для их компании — англ. MICROcomputer SOFTware («программное обеспечение для микрокомпьютеров»), с написанием через дефис. Свой первый год новая компания, в которой работало три человека, закончила с оборотом $16,005 тыс. (для сравнения: в 2000 году выручка корпорации составила $25,3 млрд, а прибыль — более $7,3 млрд).

В начале 1980-х годов пути двух основателей компании разошлись: по воспоминаниям Аллена, в то время как он не хотел посвящать всю свою жизнь Microsoft, Гейтс был полностью сконцентрирован на работе и развитии компании.[6] По настоянию Гейтса, партнёры неоднократно пересматривали свои доли в бизнесе, причём Аллен уступал в пользу Гейтса. Аллен писал в своей книге[6]:

Мой партнер хотел заграбастать как можно больше и уже ничего не выпускал из рук. С этим я примириться не мог… Тогда я подумал, что в какой-то момент должен буду уйти.

В 1983 году Аллен покинул Microsoft, продав свои акции по $10 за штуку[6]. Эта сделка в итоге сделала его одним из самых богатых людей в мире: в 2011 году он занимал 57 место в списке журнала Forbes с капиталом в $13 млрд[7]