флеш, как и, например, Фотошоп, программа, работающая со слоями. представь себе, что есть 2 больших празрачных прямоугольных стекла. на одном нарисован круг, на другом - квадрат. оба эти стекла лежат на столе, предположим.
ты можешь двигать одно из них влево, а другое в то же время - вправо. тогда получится, что круг и квадрат двигаются в разные стороны. на одном стекле так сделать нельзя, согласись. а на разных - можно.
вот эти стекла - это и есть слои ;) и таких слоев во флеше может быть очень много. и еще. если 2 (или больше) фигни двигаются (или деформируются) по разному - это должно происходить в разных слоях.
управление слоями - в той же панельке Timeline, слева от кадров. сейчас у нас есть Layer1 - это название слоя. под ним - 3 значка, нас сейчас интересует самый первый - New Layer. нажимаем - и слоев становится 2. видишь, где кадры показаны - тоже стало 2 ряда этих кадров.

давай новый документ создаем, рисуем круг. на 10 кадре жмем F7 (пустой ключевой кадр) - и рисуем квадрат. снова идем в первый кадр, выбираем Tween - Shape.
теперь делаем новый слой, и там делаем все то же самое, только сначала - квадрат, потом в 10м кадре - F7 и рисуем круг, потом в первом кадре (уже ВТОРОГО слоя) - Tween - Shape.
давим контрол-энтер. должно получиться...