Бексински родился в Саноке (Sanok) на юге Польши. После завершения обучения архитектуре в Кракове в 1955 году, он вернулся в Санок. Фотографии Бексинского стилистически были похожи на его будущие работы в живописи, представляя собой изображения морщинистых лиц, неровных ландшафтов, объектов с очень бугристой поверхностью, эффект от которых усиливался игрой с источниками света и тенями. Среди его фоторабот также можно встретить различные тяжёлые образы, такие как изуродованная кукла с разодранным лицом, портреты людей без лиц или с полностью забинтованными лицами.

Позднее Бексински сконцентрировал свои творческие усилия на живописи. Его первые картины относились к абстрактному искусству, но на протяжении шестидесятых годов он всё более склонялся к сюрреализму. В 1970-х годах Бексински вступил в период, который он сам назвал "фантастическим", который продолжался вплоть до поздних 80-х годов. Это наиболее известный период его творчества, когда он создавал свои самые знаменитые впечатляющие образы, изображающие сюрреалистические, постапокалиптические картины сцен смерти, распада, пейзажи со множеством скелетов, искажённых тел, пустынь. Все они были написаны с его особым вниманием к мельчайшим деталям, особенно когда это касалось отображения грубых, неровных поверхностей. Несмотря на мрачное исполнение, Бексински считал, что многие его работы недопоняты, так как они достаточно оптимистичны и даже забавны.

До переезда в Варшаву в 1977 году он сжёг выборку своих работ на заднем дворе своего дома не оставив никакой информации о них. Позднее Бексински объяснял, что некоторые из них были "слишком личными", другие неудовлетворительными, и он не хотел, чтобы люди могли их видеть. 1980-е годы стали переходными в творчестве Бексинского. Произведения ранних 90-х годов в основном представляли собой серию сюрреалистических портретов и крестов. Они были намного менее богаты деталями, чем работы "фантастического периода", но не менее убедительными и сильными. Во второй половине 90-х годов художник открыл для себя компьютеры, Интернет, цифровую фотографию, на чём и концентрировался вплоть до своей смерти.

Бексински всегда выполнял свои работы в одной из двух манер, которые он называл баро?чной и готической. В первой манере доминировало наполнение, во второй - форма. Картины созданные в последние пять лет жизни художника в большинстве своём были созданы в "готической" манере. 22 февраля 2005 года художник был найден мёртвым в своей квартире в Варшаве. На теле Бексинского было обнаружено 17 колотых ран, две из которых были смертельными. Вскоре после этого были арестованы несовершеннолетний сын коменданта его дома, который позднее был признан виновным, и его друг. Известно, что незадолго до своей смерти Бексински отказался дать в долг этому юноше.