Котел как раз и должен работать в прерывистом режиме, если не ошибаюсь, это сделано для увеличения его КПД. Ваша автоматика, если не ошибаюсь, называется "Арбат". Единственное, что горит в перерывах между включениями основной горелки - запальник. Если покрутить винтик на верхней части блока автоматики (есть там такой, рядом с ручкой регулирования температуры), т.е. завернуть его до упора, то основная горелка будет гаснуть полностью и через какое-то время загораться снова (когда горячая вода в теплообменнике заменяется холодной). Низ теплообменника котла почти всегда холоднее верха, т.к. туда поступает более холодная вода (это не касается систем с принудительной циркуляцией - там может быть и по-другому ЗДЕСЬ ДАЛЕЕ...